Au sein de Réseau Ferré de France, la Direction Régionale Bourgogne – Franche Comté pilote la maîtrise d’ouvrage de la LGV Rhin-Rhône.

Direction Régionale
 Directeur Régional : Abdelkrim Amoura

Communication
 Responsable Communication : Valérie Lépinay

Service Environnement
 Responsable Environnement : Anne Petit

Direction d’Opérations de la LGV Rhin-Rhône Branche Est
 Directeur d’Opérations : Xavier Gruz
 Adjoint au Directeur d’Opérations : Patrick Sabatier

Mission Branche Ouest / Branche Sud
 
Chef de mission : Laurent Banlin

Service Projets d’Investissements
 Responsable Service Projet d’Investissements : Pascal Guillaume

Service Administratif et Financier

 Chef du Département : René-Paul Simon

Département Aménagement et Patrimoine
 Responsable Aménagement et Patrimoine : Thomas Helbert

Service Commercial et Gestion du Réseau
 Responsable Service Commercial et Gestion du Réseau: Antoine Latouche-Halle